Codeigniter URL yapısını SEO için düzenlemek gerektiğinde index.php bağlantısının tüm URL’lerden kaldıması için yine .htaccess kullanılmalıdır. Aşağıdaki .htaccess dosyası Codeigniter projesinin kök dizininde bulundurulmalı ve Codeigniter ayarlarının yapıldığı application->config->config.php dosyasındaki $config['index_page'] = ‘index.php’; değeri $config['index_page'] = ”; olarak değiştirilmelidir.
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^system.*
RewriteRule ^(.*)$ /index.php?/$1 [L]
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^application.*
RewriteRule ^(.*)$ /index.php?/$1 [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L]
</IfModule>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^system.*
RewriteRule ^(.*)$ /index.php?/$1 [L]
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^application.*
RewriteRule ^(.*)$ /index.php?/$1 [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L]
</IfModule>